Ce projet, de longue haleine, se déploie sur toute la trame temporelle de la société québécoise depuis le Régime français jusqu'à nos jours et s'intéresse au changement socioculturel, dans ses différentes facettes.

Ses objectifs sont de prolonger et d’illustrer les idées, réflexions, échanges favorisés par les séminaires et les colloques scientifiques du Centre; de rallier la communauté scientifique à une production d'envergure qui facilite la valorisation et le développement des recherches en cours sur le Québec; et de fournir à des milieux diversifiés un matériel pédagogique qui favorise une meilleure connaissance du Québec.

Entièrement réalisée par ordinateur, cette production est thématique et tire profit d'expériences similaires ailleurs au Canada et dans le monde. Elle prend la forme d'ouvrages de synthèse soutenus par une illustration et la représentation cartographique qui restitue les contextes historiques et qui sert à appuyer les travaux scientifiques des chercheurs. Chacun de ces ouvrages peut nourrir à son tour une édition plus didactique destinée au grand public, sous la forme d’un site web. Les équipes mettent également à la disposition des chercheurs les bases de données en ligne qui ont servi à l’élaboration de l’ouvrage.

Le Centre est le maître d'œuvre du projet mais sa réalisation fait appel à la communauté scientifique élargie. Cette collaboration s'établit selon des modalités précises de collaboration qui obéissent à des critères reconnus de qualité scientifique.

La collection de l'Atlas historique du Québec est placée sous la direction des codirecteurs du CIEQ. Ils confient ou assument eux-mêmes la direction des volumes thématiques. Ils sont assistés du Comité scientifique du CIEQ et animent l’équipe de chercheurs réalisant l’ouvrage. Les directeurs de la collection font rapport périodiquement de l'état d'avancement des travaux à l'Assemblée des chercheurs. Les responsables d’un volume informent régulièrement les codirecteurs de l’avancement du projet et planifient avec eux le travail de cartographie et d’infographie réalisé au Centre.

La réalisation concrète des ouvrages est assumée par une équipe de travail composée d'un géographe-cartographe spécialisé en systèmes de traitement de l'information géographique, d'un spécialiste de la conception graphique assistée par ordinateur et d'un chargé de dossier.

Cette équipe est assistée d'experts spécialisés en cartographie et en systèmes de traitement de l'information géographique et historique.

En fonction de la programmation du Centre, le choix et le nombre de planches sont définis par les directeurs de la collection Atlas historique du Québec et les responsables du volume, en consultation avec le Comité scientifique.